#!/bin/bash

set -xe

mkdir -p "${{PREFIX}}/bin"
export MACHTYPE=$(uname -m)
export INCLUDE_PATH="${{PREFIX}}/include"
export LIBRARY_PATH="${{PREFIX}}/lib"
export LDFLAGS="${{LDFLAGS}} -L${{PREFIX}}/lib"
export CFLAGS="${{CFLAGS}} -O3 ${{LDFLAGS}}"
export CXXFLAGS="${{CXXFLAGS}} -I${{PREFIX}}/include ${{LDFLAGS}}"
export BINDIR=$(pwd)/bin
export L="${{LDFLAGS}}"
mkdir -p "${{BINDIR}}"
(cd kent/src/lib && make CC="${{CC}}" CXX="${{CXX}}" CFLAGS="${{CFLAGS}}" CXXFLAGS="${{CXXFLAGS}}" -j "${{CPU_COUNT}}")
(cd kent/src/htslib && make CC="${{CC}}" CXX="${{CXX}}" CFLAGS="${{CFLAGS}}" CXXFLAGS="${{CXXFLAGS}}" -j "${{CPU_COUNT}}")
(cd kent/src/jkOwnLib && make CC="${{CC}}" CXX="${{CXX}}" CFLAGS="${{CFLAGS}}" CXXFLAGS="${{CXXFLAGS}}" -j "${{CPU_COUNT}}")
(cd kent/src/hg/lib && make USE_HIC=0 CC="${{CC}}" CXX="${{CXX}}" CFLAGS="${{CFLAGS}}" CXXFLAGS="${{CXXFLAGS}}" -j "${{CPU_COUNT}}")
(cd kent/src/utils/stringify && make CC="${{CC}}" CXX="${{CXX}}" CFLAGS="${{CFLAGS}}" CXXFLAGS="${{CXXFLAGS}}" -j "${{CPU_COUNT}}")
(cd {program_source_dir} && make CC="${{CC}}" CXX="${{CXX}}" CFLAGS="${{CFLAGS}}" CXXFLAGS="${{CXXFLAGS}}" -j "${{CPU_COUNT}}")
cp bin/{program} "${{PREFIX}}/bin"
chmod 0755 "${{PREFIX}}/bin/{program}"
