#!/bin/sh
mkdir -p $PREFIX/bin

cp pgcgap.pl $PREFIX/bin/pgcgap

cp Functions/Pan/plot_3Dpie.R $PREFIX/bin/
cp Functions/Pan/fmplot.py $PREFIX/bin/
cp Functions/Pan/grep_cds_aas_from_gff3.pl $PREFIX/bin/

cp Functions/COG/COG.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/COG/COG2020.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/COG/COGdiamond2022.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/COG/get_flag_relative_abundances_table.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/COG/Plot_COG.R $PREFIX/bin/
cp Functions/COG/Plot_COG_Abundance.R $PREFIX/bin/

cp Functions/ANI/triangle2list.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/ANI/get_ANImatrix.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/ANI/Plot_ANIheatmap.R $PREFIX/bin/

cp Functions/MASH/get_Mash_Matrix.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/MASH/Plot_MashHeatmap.R $PREFIX/bin/

cp Functions/Assemble/genome_LenFilter_stats.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/Assemble/get_stats_summary.pl $PREFIX/bin/

cp Functions/ACC/id2seq.pl $PREFIX/bin/
cp Functions/ACC/get_repeats.pl $PREFIX/bin/

chmod a+x $PREFIX/bin/pgcgap
chmod a+x $PREFIX/bin/plot_3Dpie.R
chmod a+x $PREFIX/bin/fmplot.py
chmod a+x $PREFIX/bin/grep_cds_aas_from_gff3.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/COG.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/COG2020.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/COGdiamond2022.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/get_flag_relative_abundances_table.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/Plot_COG.R
chmod a+x $PREFIX/bin/triangle2list.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/get_ANImatrix.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/Plot_ANIheatmap.R
chmod a+x $PREFIX/bin/Plot_COG_Abundance.R
chmod a+x $PREFIX/bin/get_Mash_Matrix.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/Plot_MashHeatmap.R
chmod a+x $PREFIX/bin/genome_LenFilter_stats.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/get_stats_summary.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/id2seq.pl
chmod a+x $PREFIX/bin/get_repeats.pl

pgcgap --version
